Родился в станице Упорной в 1909 году. Призывался в РККА в 1941 году Упорненским РВК. По сведениям жены, Агафьи Павловны, связь с семьей прервалась в 1941 году. Признан пропавшим без вести с апреля 1943 г. Имя Прокофия Емельяновича Костенко внесено в 3-й том Книги Памяти Краснодарского края.