Родился в станице Упорной в 1907 году. Призван в РККА Упорненским райвоенкоматом 9 сентября 1941 года. Служил в 279-м стрелковом полку 341 стрелковой дивизии II формирования, преобразованной из 77 морской стрелковой бригады Карельского фронта. Заместитель командира отделения фрейтор Бегунов С.Д. в июне 1944 года был ранен, из 77 медсанбата отправлен в армейский полевой госпиталь 1077, располагавшийся на 69-м километре дороги Кандалакша-Алакурти. 13 сентября Семен Бегунов был убит в бою и захоронен справа от шоссейной дороги Алакуртти-Куолаярви, на 30-м километре. Жене, Бегуновой Прасковье Андреевне, в Упорную было послано извещение о гибели мужа. Имя Семена Денисовича Бегунова внесено в 3-й том Книги Памяти Краснодарского края.