Родился в станице Упорной в 1903 году. Проживал с женой, Нефедовой Варварой Степановной, в Союзе 16-ти хуторов Упорненского района, работал в колхозе. Призван в Красную Армию Упорненским райвоенкоматом Краснодарского края в августе 1941 года, направлен для обучения в 46-й запасной стрелковый полк 15-й запасной стрелковой бригады, откуда с маршевой ротой 4743 отбыл 18 октября 1941 года к месту службы. Вестей от бойца семья не получала после 1941 года. Признан пропавшим без вести с апреля 1943 года. Имя Василия Дмитриевича Нефедова внесено в 3-й том Книги Памяти Краснодарского края.