Родился в станице Упорной в 1903 году. Проживал с женой, Головатенко Матреной Илларионовной, в хуторе Сладком Упорненского района. Призван в Красную Армию в 1941 году Упорненским райвоенкоматом Краснодарского края. Направлен для обучения в 46-й запасный стрелковой полк 15-й запасной стрелковой бригады, располагавшийся в г. Армавире, откуда выбыл 14 ноября 1941 года выбыл к месту службы.. Был ранен, вернулся в 46-й запасной стрелковый полк, который к тому времени передислоцировался в г. Кизляр Орджоникидзевского края. 24 февраля 1942 года красноармеец Головатенко Ф.И. с маршевой пулеметной ротой 2431 отправлен на фронт. С февраля 1942 года связь с бойцом была утеряна. Признан пропавшим без вести с мая 1943 года. Имя Филиппа Ивановича Головатенко внесено в 3-й том Книги Памяти Краснодарского края.